Geografický ústav SAV, v. v. i., bol založený v roku 1943 ako Zemepisný ústav Slovenskej akadémie vied a umení. Dňa 18.6.1953 bol začlenený pod Slovenskú akadémiu vied (SAV). Uznesením Predsedníctva SAV č. 1 z 5.11.1962 a s účinnosťou od 1.1.1963 bol premenovaný na Geografický ústav SAV.
S účinnosťou od 1.7.2018 bol Geografický ústav SAV transformovaný zo štátnej rozpočtovej organizácie na verejnú výskumnú inštitúciu. Po nadobudnutí účinnosti zákona č. 270/2018 Z. z. sa Geografický ústav SAV od 26.9.2018 stal znova rozpočtovou organizáciou.
Na základe ustanovenia § 21aa ods. 1 zákona o SAV v znení zákona č. 347/2021 Z. z. a na základe zakladacej listiny schválenej Uznesením Predsedníctva SAV č. 146.C z 28.10.2021 a vydanej Slovenskou akadémiou vied dňa 15.11.2021 sa právna forma Geografického ústavu SAV zmenila zo štátnej rozpočtovej organizácie na verejnú výskumnú inštitúciu.
Vo vývoji vedeckého bádania v ústave môžeme rozlíšiť tri etapy:
- v prvej etape do roku 1963 prevládali čiastkové tematické úlohy zamerané napríklad na geomorfologické mapovanie, eróziu pôdy, pohyb obyvateľstva alebo poľnohospodárstvo, pričom osobitná pozornosť sa venovala výskumu malých regiónov;
- druhá etapa (1963-1989) bola obdobím krajinných analýz a syntéz vo fyzickej i humánnej geografii s dôrazom na územie Slovenska. Výsledky, ktoré sa dosiahli v tejto etape, vyústili do vydania významných diel, ako sú napríklad národný Atlas SSR, encyklopedická publikácia Slovensko – Ľud a viacero knižných monografií. Druhá etapa bola obdobím dosiaľ najextenzívnejšieho personálneho a materiálneho rozvoja pracoviska;
- tretia etapa sa začína rokom 1990, kedy sa nové politické a spoločensko-ekonomické podmienky odrazili aj v odlišných formách organizácie vedeckovýskumnej činnosti – riešením vedeckých projektov a ich finančnou podporou prostredníctvom grantového systému. Významnými vedeckými aktivitami ústavu v ostatnom období boli práce na viacerých monografiách, Atlase obyvateľstva Slovenskej republiky, vstup do viacerých projektov financovaných agentúrami VEGA a APVV, ako aj vstup do medzinárodných projektov.